$_new_value = '1';
$model = new Mage_Core_Model_Config();
$model->saveConfig('design/head/demonotice', $_new_value, 'default');
Mage::getConfig()->cleanCache();

http://www.damianculotta.com.ar/2011/08/15/como-modificar-valores-de-configuracion-via-codigo-en-magento/

En algunos escenarios es posible que ante ciertas acciones o resultados, debamos modificar algún valor que se encuentra en la configuración general de Magento.

Para modificar un valor de la configuración general de forma programática (si, suena rara la palabra al traducirla) sólo necesitamos 3 líneas de código, la clave que queremos actualizar y el nuevo valor.

Para el ejemplo, vamos a poner la tienda en modo demo.

Magento How to modify configuration values

magento

PHP